DBCO-TEG phosphoramidite(二苯并环辛炔-三甘醇-亚磷酰胺)把无铜点击(SPAAC)的反应基团做成固相合成单体:合成仪上多一轮偶联,寡核苷酸 5' 端就带着一个 DBCO 基团出厂,后续与叠氮标记物在无铜条件下完成标记。本文拆解它的分子设计与偶联工艺,对比三种固相修饰亚磷酰胺,给出 siRNA、ASO、适配体的选型路径。

固相合成仪收尾的那一步偶联,多数实验室习惯留给氨基修饰物:先合成带 NH2-C6 的寡核苷酸,纯化,再在溶液里用 NHS 酯挂荧光或靶头。这条路线跑了二十年,代价是把两个变量绑在了一起——标记效率同时受胺基质量和活性酯水解速率支配,产物纯度跟着过量的标记物走。DBCO-TEG phosphoramidite 换了一种做法:把 DBCO 直接做成亚磷酰胺单体,在合成仪上完成 5' 端直装。
后修饰的成本第一条是纯化。氨基寡核苷酸与 NHS 酯偶联后,通常要再过一次反相 HPLC 或 PAGE,每一步都吃收率,两次纯化叠加,据行业经验,最终拿到手的标记产物收率明显下降。第二条是反应窗口窄。NHS 酯在水溶液中会逐步水解,投料比、缓冲液 pH、反应时间偏离最优条件,标记率会受影响,批次之间波动明显。第三条最隐蔽——如果后修饰走铜催化路线,Cu(I)/抗坏血酸体系可能产生活性氧,有研究指出 Cu(I) 体系可能引起核酸损伤,除铜还要额外加 EDTA 处理[7][8]。
直装路线把这三个成本逐条拆解。纯化方面:亚磷酰胺偶联在合成仪内完成,一个 5' 端对应一个 DBCO,化学计量明确,位置固定,产物一次纯化即可——省掉了后修饰的第二次 HPLC。反应窗口方面:偶联条件由仪器和试剂控制,不依赖 NHS 酯在水溶液中的稳定性,批次间一致性好。铜损伤方面:后续标记完全无铜,叠氮标记物直接加入磷酸盐缓冲液、室温反应,没有催化剂残留的问题。
直装还带来后修饰路线不具备的结构性优势:每条链上的 DBCO 数量和位置在合成阶段就确定了,不存在「标记了多少」的不确定性;后续 SPAAC 反应在生理条件下进行,生物相容性好,适合细胞和活体实验。这两点对批次一致性要求高的递送研究尤其重要。
这个方向最近又热了起来。2026 年 7 月 Nature Chemistry 刊出的相关工作,把 on-support phosphitylation 重新带回寡核苷酸递送与纳米材料组装的研究视野——直接在固相载体上装好反应基团,比事后偶联更适合规模化、可重复的制备流程。
边界也要说清楚。直装适合 5' 单点标记;若目标是 3' 端、链内多点修饰,或者手里已有氨基寡核苷酸库存,溶液后修饰仍是合理选择,溶液后修饰路线DBCO活化酯 - 二苯并环辛炔-聚乙二醇-N-羟基琥珀酰亚胺(DBCO-PEG-NHS)就是为这条路线准备的。
我们接触的合成团队里,第一次用修饰亚磷酰胺的人最容易犯的错,是把偶联时间沿用标准碱基的 25 秒。修饰单体分子大、扩散慢,25 秒往往只够偶联一半,出来一堆未标记链。把时间拉到 5-15 分钟、必要时双偶联,问题通常立刻消失——这条经验能省掉大量排查时间。
设计:亚磷酰胺基团就是合成仪的标准接口。DBCO-TEG phosphoramidite 与普通碱基单体一样溶于无水乙腈,由四唑类活化剂启动偶联,不需要改仪器程序。
机制:DMT 保护 5'-OH、2-氰乙基保护磷(III),偶联后氧化为磷(V),整条链完成后再统一脱保护,与标准合成循环完全兼容。
效果:延长偶联时间后,修饰单体的偶联效率通常可达 90% 以上(据供应商应用说明),未标记链的比例可控,纯化后即得 5'-DBCO 寡核苷酸。
先把化学基础放稳。亚磷酰胺法固相合成是 1981 年 Beaucage 与 Caruthers 建立的[3]:脱三苯甲基、偶联、盖帽、氧化四步循环,每轮加一个碱基。5' 端修饰就是在末轮循环里,把修饰亚磷酰胺送上柱——这是整个直装路线的操作前提。
DBCO 负责反应性。二苯并环辛炔的环张力驱动与叠氮的 [3+2] 环加成——不需要铜催化剂,意味着可以在细胞培养液、血清甚至活体环境中直接反应,这是 SPAAC 被称为生物正交反应的核心原因。2004 年 Agard 等在 JACS 报道了第一例环辛炔-叠氮无铜环加成[4],2008 年 Ning 等引入 DBCO(二苯并环辛炔类)并用于活细胞表面标记[5]。DBCO 与简单环辛炔相比,反应速率通常高 1-2 个数量级,速率常数在 10⁻²~10⁻¹ M⁻¹s⁻¹ 量级(视叠氮底物而定)[2][9]。
TEG 负责空间与亲水性。三个乙二醇单元把 DBCO 推离寡核苷酸链表面几个原子间距,降低大体积叠氮标记物(染料、生物素、蛋白靶头)与双链的空间冲突,同时提高单体与寡核苷酸的水溶性。对比 C8 烷基间隔臂,TEG 更亲水、链间聚集倾向更低;对比 PEG4,TEG 更短、对分子量的贡献更小。间隔臂长短的选择,本质上是在「反应基团够得着」和「不干扰杂交」之间取平衡。
正交性还带来一个组合设计的空间。SPAAC(DBCO-叠氮)、CuAAC(炔-叠氮)与 IEDDA(四嗪-TCO)三者可以顺序使用:例如 5' 端装 DBCO 做无铜标记,链内装炔基位点走铜催化,3' 端留给四嗪化学,一次合成实现多色、多靶点标记。这类组合里,四嗪-马来酰亚胺双功能交联剂 - 甲基四嗪-聚乙二醇6-马来酰亚胺(MethylTZ-PEG6-MAL)常被用作桥接分子。
稳定性是新手最担心的一环。亚磷酰胺对水敏感,开瓶后应在干燥、惰性气体保护下 -20℃ 避光保存,用前回温、无水乙腈现配现用。DBCO 基团本身对标准浓氨水(或 AMA)脱保护条件通常耐受,但应避免长时间高温强碱和过量强还原剂处理;具体窗口以批次 COA 与供应商说明书为准。
纯化环节还有一个常用技巧:5' 端装上修饰单体后保留 DMT 基团(DMT-on)走反相 HPLC。全长产物带着疏水的 DMT,保留时间明显晚于失败链——相当于给目标产物贴了个疏水标签,让它在色谱柱上走慢一拍,一次上样就能把目标峰分出来,纯化后再在酸性条件下脱掉 DMT。对修饰寡核苷酸来说,这个策略比 PAGE 切胶省事,也比单纯离子交换更能处理疏水性强的长链修饰产物——DBCO-TEG phosphoramidite 合成的产物恰好属于这一类。
关键数据:SPAAC 无需催化剂即可在室温、磷酸盐缓冲液(pH 7.2-7.4)中进行,速率常数视叠氮底物在 10⁻²~10⁻¹ M⁻¹s⁻¹ 量级,较第一代环辛炔快 1-2 个数量级[2][9];CuAAC 更快但依赖 Cu(I)/配体/还原剂体系,且需在反应后除铜[1][7]。
固相直装 DBCO 并不是唯一选项。同样用于寡核苷酸修饰的亚磷酰胺,还有炔基 PEG4 型和炔基 dT 型。三者点击方式不同、修饰位点不同,应用边界也不同。下表把七个维度摊开对比。
| 对比维度 | DBCO-TEG phosphoramidite | Alkyne-PEG4-phosphoramidite | Alkyne dT phosphoramidite |
|---|---|---|---|
| 点击方式 | SPAAC,无铜[2][4] | CuAAC,铜催化[1] | CuAAC,铜催化[1] |
| 反应条件 | 室温/PBS/生理条件即可,无需催化剂 | Cu(I)+配体(如 THPTA)+还原剂,反应后需除铜 | Cu(I)+配体+还原剂,反应后需除铜 |
| 修饰位点 | 5' 端直装为主(TEG 间隔臂) | 5' 端/链内(PEG4 间隔臂) | 碱基位点(胸腺嘧啶),链内为主 |
| 核酸损伤风险 | 无铜源氧化损伤 | 铜/抗坏血酸体系可能致链断裂[7][8] | 铜/抗坏血酸体系可能致链断裂[7][8] |
| 空间位阻与配对 | TEG 间隔臂位阻小,对杂交影响小 | PEG4 间隔臂位阻小 | 修饰位于碱基,需评估与互补链配对 |
| 标记化学计量 | 每链一个 DBCO,位置确定 | 偶联计量明确,标记需额外铜催化步骤 | 链内定位,标记后需验证位点 |
| 典型应用 | 活体/细胞标记、siRNA 递送靶头、生物传感[6] | 体外微量标记、材料表面固定[7] | 分子信标、淬灭对、内参标记[6] |
注:表中数值与结论为典型值,来源于公开文献与供应商产品手册;实际表现以批次 COA 与具体实验条件为准,不构成性能保证。
再把固相直装与溶液后修饰放在同一张表里,决策会更直观。
| 对比维度 | 固相直装(DBCO-TEG phosphoramidite) | 溶液后修饰(DBCO-PEG-NHS + 氨基寡核苷酸) |
|---|---|---|
| 步骤数 | 合成中一步偶联,纯化一次 | 合成 + 纯化 + 溶液偶联 + 再纯化 |
| 标记化学计量 | 每链一个 DBCO,位置确定 | 受胺基质量与 NHS 水解速率影响 |
| 副反应 | 少,主要来自偶联不完全 | NHS 水解、胺基氧化、非特异吸附 |
| 纯化负担 | 一次 HPLC | 两次(偶联前后各一次) |
| 适用场景 | 5' 单点标记、批次一致性好、规模化制备 | 已有氨基寡核苷酸库存、3' 端及链内等特殊位点 |
这个领域有个反直觉的现象:间隔臂越短的修饰单体,偶联效率反而越容易出问题。原因不复杂——DBCO 是个体积不小的刚性基团,离骨架太近时,正在生长的寡核苷酸链的空间位阻会压低偶联效率;TEG 和 PEG4 这类柔性间隔臂存在的意义,就是把这个矛盾拆开:反应基团保持活性,链本身保持正常生长。这也是为什么同样的 DBCO 化学,做成亚磷酰胺直装和做成 NHS 酯后修饰,产物纯度 profile 和批次一致性会有差异。
客户问得最多的一句话是:DBCO 挂哪条链?siRNA 场景里,答案通常是正义链。反义链的种子区(5' 端起 2-8 位)是识别靶 mRNA 的关键序列,5' 端修饰可能干扰靶标结合,因此修饰优先放在正义链。反义链 5' 端靠近种子区且对磷酸化状态敏感,修饰放正义链对沉默活性影响更小,这也是递送靶头(GalNAc、抗体、脂质)偶联的常见设计[6]。5'-DBCO 正义链与叠氮化靶头在无铜条件下偶联,RNA 全程不接触铜离子,完整性更有保障。
ASO 的场景是追踪与亲和富集。5' 端直装 DBCO 后挂荧光、生物素或亲和标签,用于药代动力学和组织分布研究。多数 gapmer 设计中,5' 端修饰对 RNase H 介导切割的影响有限,但具体序列仍需实验验证——修饰位置离切割窗口越远越稳妥。
适配体是第三张卡。DNA 适配体分子量约 6-15 kDa(20-45 个核苷酸),SELEX 筛选后需要在 5' 端接报告基团或固定到表面。5'-DBCO 适配体可以直接锚定到叠氮化修饰的微阵列、微球或电极表面,也可以挂荧光用于 DNA-PAINT 等超分辨成像。这里无铜的优势尤其明显:金属表面和活细胞都不欢迎铜。
更前沿的用法是链内多点 SPAAC 构建 DNA 纳米结构与抗体-寡核苷酸偶联物(AOC)。目前这些应用处于临床前和探索阶段,没有进入临床的产品;把 DBCO 做成亚磷酰胺、在合成阶段就位点可控地埋入反应基团,是这类结构的制备基础。
标记物本身的选择也影响结果。叠氮-荧光染料适合流式与成像,叠氮-生物素适合亲和富集与印迹检测,叠氮-脂质或叠氮-GalNAc 适合递送体系,叠氮-蛋白(抗体、酶)适合功能偶联。共同的原则是:叠氮标记物要新鲜配制、避光保存,反应体系里不要混入硫醇类还原剂(它们会与叠氮竞争或还原标记物),pH 控制在 7.2-7.4 附近。这些细节在偶联效率上的影响,往往比单体本身更大。
要点:反义链 5' 端磷酸化敏感,siRNA 递送靶头优先挂正义链;ASO 修饰位点应远离 RNase H 切割窗口。
原因:无铜反应不产生氧自由基,RNA 链完整性与细胞活性同时得到保护[7][8];位置确定保证每个分子的修饰都一致。
建议:递送与活体实验优先 5'-DBCO 直装;体外定量实验若已有铜条件,可对比 Alkyne-PEG4 路线后再定。
路径 1:活体/细胞内的无铜标记、siRNA 递送靶头 → 选 DBCO-TEG phosphoramidite
场景:标记产物要在细胞、血清或动物体内完成偶联,或 RNA 对金属敏感。
推荐规格:5'端直装DBCO的固相合成修饰单体 - 二苯并环辛炔-三甘醇-亚磷酰胺(DBCO-TEG phosphoramidite) + 叠氮化靶头标记物,0.1 M 无水乙腈现配现用,标准氨水脱保护。
路径 2:体外微量标记、材料表面固定、已有铜条件 → 选 Alkyne-PEG4-phosphoramidite
场景:反应在体外完成,实验室已具备 CuAAC 条件,对铜的顾虑可控。
推荐规格:CuAAC路线炔基直装亚磷酰胺 - 炔基-聚乙二醇4-亚磷酰胺(Alkyne-PEG4-phosphoramidite) + CuSO₄/THPTA/抗坏血酸钠体系,反应后 EDTA 除铜[1]。
路径 3:链内/碱基位点修饰(分子信标、淬灭对、内参标记)→ 选 Alkyne dT 或 C8-Alkyne-dT
场景:修饰必须埋在序列内部,或需要标记位点与碱基配对行为耦合。
推荐规格:链内碱基位点炔基修饰单体 - 炔基修饰胸腺嘧啶脱氧核苷亚磷酰胺(Alkyne dT phosphoramidite),或间隔臂更长的C8间隔臂链内炔基修饰单体 - C8-炔基-胸腺嘧啶脱氧核苷-CE-亚磷酰胺(C8-Alkyne-dT-CE-phosphoramidite)。
路径 4:已有氨基寡核苷酸库存、3' 端或特殊位点 → 选溶液后修饰 DBCO-PEG-NHS
场景:不想重开合成,或修饰位点不在 5' 端。
推荐规格:溶液后修饰路线DBCO活化酯 - 二苯并环辛炔-聚乙二醇-N-羟基琥珀酰亚胺(DBCO-PEG-NHS),投料比 5-10 倍过量,偶联后再过一遍 HPLC。
5'-DBCO 寡核苷酸只是链路的一端,另一端是叠氮标记物,中间还可能有桥接和纯化环节。冰合试剂把这条链上的常用件都配齐了,按使用顺序列出:
合成、标记、桥接三类试剂在同一品牌下配齐,规格、储存条件与批次文档风格统一,后续核查省事。更多固相合成与点击化学的应用解读,可查看冰合试剂产品资讯聚合页 - 产品资讯。
Q1:DBCO-TEG phosphoramidite 和 Alkyne-PEG4-phosphoramidite 怎么选?
核心分水岭是铜。后续标记在活体、细胞或金属敏感体系中进行,选 DBCO-TEG(SPAAC 无铜,速率常数视叠氮底物在 10⁻²~10⁻¹ M⁻¹s⁻¹ 量级[2][9]);体外体系已有铜条件且追求低成本,选 Alkyne-PEG4(CuAAC,需反应后除铜[1])。两者都能 5' 端直装,间隔臂一个 TEG 一个 PEG4,位阻与亲水性接近。
Q2:偶联条件怎么设?
无水乙腈溶解至 0.05-0.1 M;用四唑类活化剂(如 0.25 M 5-乙硫基四唑);偶联时间延长到标准碱基的 3-10 倍(修饰单体常用 5-15 分钟,标准碱基约 25 秒);建议双偶联提高效率;氧化与盖帽步骤保持标准条件。据供应商应用说明,偶联效率通常可达 90% 以上。
Q3:5'-DBCO 寡核苷酸怎么和叠氮标记物反应?
纯化后的寡核苷酸溶于水或 PBS(pH 7.2-7.4),加入 2-5 倍摩尔过量的叠氮标记物(染料、生物素、靶头),室温或 37℃ 反应 1-4 小时,无铜无配体;小分子叠氮一般 1-2 小时接近完成(据文献[2][6]与供应商说明)。反应后过脱盐柱或 HPLC 除去过量标记物。
Q4:DBCO 在合成和脱保护条件下稳定吗?
标准浓氨水(或 AMA)55℃ 脱保护通常可耐受,但应避免长时间高温强碱;避免过量强还原剂(DTT/TCEP 大过量)与强酸长时间处理;具体窗口以批次 COA 与供应商说明书为准。
Q5:5'-DBCO 寡核苷酸能做什么应用?
四类:其一,siRNA 正义链 5' 偶联 GalNAc、抗体或脂质做递送(临床前阶段);其二,ASO、适配体 5' 挂荧光、生物素或亲和标签;其三,固定到叠氮化表面做微阵列、传感器与 DNA-PAINT 成像;其四,与四嗪-叠氮双功能分子组合做多色多靶点标记。与临床相关的应用均处于研究阶段。
Q6:CAS 号和分子量是多少?
DBCO-TEG phosphoramidite 无统一公开 CAS 号,部分供应商目录标注的 CAS 号待核实,采购时请以供应商 COA 为准。分子量随 PEG 链长与批次而异,同样以 COA 为准;核心结构包括 DBCO 反应基团、TEG 间隔臂和亚磷酰胺偶联基团三部分。
Q7:供应商怎么选?
三看。一看 COA 与谱图:HPLC 纯度是否给全(≥95% 为行业常见标准),亚磷酰胺的 ³¹P NMR 双峰(典型值约 149-150 ppm,对应非对映异构体)是判断结构正确的关键证据;二看包装与储存:无水密封、惰性气体保护、-20℃ 干燥避光,是否提供开瓶后稳定性说明;三看应用支持:能否给出偶联条件建议、质谱表征案例与失败排查支持。冰合试剂的5'端直装DBCO的固相合成修饰单体 - 二苯并环辛炔-三甘醇-亚磷酰胺(DBCO-TEG phosphoramidite)提供 COA 与储存指导,批次信息以官网产品页为准。
Q8:能链内或 3' 端修饰吗?
5' 直装是主流。链内修饰可选链内碱基位点炔基修饰单体 - 炔基修饰胸腺嘧啶脱氧核苷亚磷酰胺(Alkyne dT phosphoramidite)或 C8-Alkyne-dT(碱基位点);3' 端通常用预载修饰的固相载体(CPG)或溶液后修饰路线(DBCO-PEG-NHS 偶联到 3'-氨基寡核苷酸)。两条路线可以并行,按位点需求组合。
本产品为科研用化学试剂,仅限实验室研究使用,不用于人、食品、药品、化妆品或临床诊疗。文中数据与结论来源于同行评审文献及公开资料,参数均为典型值,实际以批次 COA 与具体实验条件为准。
本文对同类产品的描述均为中性技术表述,不构成对任何第三方产品的贬低或比较性评价。
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